Por volta de 1640 a.e.c. a posição da 13ª dinastia foi usurpada, não se sabe ao certo como, por um grupo estrangeiro que se designa, convencionalmente, por "Hicsos", forma grega de uma frase egípcia que significa "governante de terras estrangeiras". Os Hicsos, 15ª dinastia egípcia, parecem ter sido reconhecidos como principal linhagem real em todo o país, mas toleravam outros concorrentes. É possível que a 13ª dinastia tenha continuado a existir, tal como a 14ª como família real, no Noroeste do Delta (cuja existência tem sido posta em dúvida). Havia também um grupo paralelo de Hicsos, conhecido como 16ª dinastia, termo que talvez cubra simplesmente outros governantes asiáticos que se proclamaram reis, onde quer que se encontrassem. A mais importante destas dinastias foi a 17ª sucessão de egípcios que governaram a partir de Tebas, controlando o vale do Nilo desde a 1ª catarata até Cusae, a norte. No sul, a Baixa Núbia foi conquistada pelos chefes núbios de Kerma. Havia, portanto, essencialmente três divisões da região que fora controlada pelas 12ª e 13ª dinastias. Durante quase um século parece ter havido paz entre elas.

Têm-se encontrado nomes de reis da 15ª dinastia em pequenos objetos provenientes de lugares do Próximo Oriente bastante distantes uns dos outros, indicando a existência de relações diplomáticas ou comerciais numa vasta região. O contato com o estrangeiro trazia consigo certas inovações técnicas, que vieram mais tarde a ter importância. Algumas dessas novidades foram provavelmente trazidas por imigrantes asiáticos, enquanto outras, especificamente militares, talvez tenham sido adquiridas por altura de campanhas, em alguns casos no início da 18ª dinastia. Até essa altura, o Egito tinha estado tecnologicamente atrasado em comparação com o Próximo Oriente, mas durante o Império Novo ambos estavam mais ou menos a par. De entre as novas técnicas salientam-se a do trabalho em bronze, que substituiu a importação de ligas de bronze e a utilização de cobre arseníaco, uma roda de oleiro aperfeiçoada e o tear vertical, a introdução do zebu e de novas culturas horto-frutícolas, o cavalo e o carro, arcos compostos e novas formas de cimitarras e outras armas. Num plano diferente, novos instrumentos estiveram na moda e as danças da 18ª dinastia são diferentes das dos períodos anteriores.

Com Seqenenre Tao II, da 17ª dinastia, os Tebanos começaram a sua luta para expulsarem os Hicsos. O primeiro episódio da batalha só é conhecido através de uma história da época do Império Novo, a "Querela de Apophis [rei dos Hicsos] e de Seqenenre", mas a múmia de Seqenenre mostra que este morreu de morte violenta, talvez em batalha. Duas estelas do seu sucessor, Kamósis, descrevem importantes escaramuças entre Tebas e os Hicsos, que se aliaram aos reis núbios. Kamósis chegou quase até Avaris, capital dos Hicsos, e estendeu as suas campanhas, a sul, até Buhen, mas nada sabemos dele após o terceiro ano.

Na realidade, os Hicsos nunca conseguiram submeter todo o Egito ao seu domínio, havia regiões no extremo sul que se mantiveram independentes, além disso, o próprio Fayum nunca aceitou o domínio estrangeiro e parece que a 13ª Dinastia continuou Reinando na região por todo o Segundo Período Intermediário. Mesmo assim o ímpeto migratório, que havia trazido os Hicsos até o Egito, cessara. A invés de seguir sua marcha para o ocidente, os Hicsos decidiram se estabelecer no Egito. Estavam desejosos de se Egipcianizar. Parecem ter adorado a cultura Egípcia, tanto assim que ao tomarem o poder nacional (ou a maior parte dele), adotaram Seth, justamente o Deus dos Estrangeiros, dos Desertos, dos Animais (seus cavalos, por exemplo) e do Caos, como seu Deus Dinástico. Era a volta, depois de tantos séculos passados desde o final da 2ª Dinastia, de Seth ao trono do Egito.

A tomada do poder pelos Hicsos devolveu a independência à Núbia, pois, com efeito, os estrangeiros que não haviam conseguido atingir nem mesmo as regiões mais ao sul do próprio Egito, jamais conseguiriam transpor as cataratas do Nilo para impor seu domínio à Núbia. Outras importantes mudanças trazidas pelos Hicsos ao Egito foram a introdução da criação de cavalos e da fundição do bronze. A situação da população, no entanto, não era das melhores, se por um lado há suspeitas de que durante o Primeiro Período Intermediário tenha havido um resfriamento do clima da África Central de modo a ocasionar cheias muito diminutas, no caso do Segundo Período Intermediário essas suspeitas se comprovam através de documentos da época.

Com efeito, a política centralizadora dos últimos Monarcas da 11ª Dinastia fez com que os diques de irrigação pública fossem desvinculados das tarefas dos Nomarcas e vinculados às tarefas do Faraó. No entanto, se por um lado essa medida visava criar uma maior interação entre as regiões. Por outro, com a falência do poder central, os diques estavam fadados a também deixarem de ser cuidados, o que, certamente, ocasionaria fome e más colheitas (independentemente de cheias menos potentes do Nilo). Seja como for, o fato é que existem relatos de fome extrema assolando o Egito em todas as partes, mas, sobretudo no Alto Egito.

É compreensível que, com o fracasso da agricultura, os homens se voltassem para o extermínio dos animais como forma de busca por alimentos. Porém, depois que os animais de criação se esgotaram e que os poucos animais disponíveis também já haviam rareado, não sobraram alternativas a algumas populações além do extermínio mútuo, em outras palavras, o canibalismo. Em algumas localidades do centro da África essa prática ainda hoje ocorre. Em geral ela tem caráter muito mais místico (com o indivíduo que come a carne absorvendo as qualidades daquele que é devorado) do que gastronômico.

No entanto, não é de se estranhar que acabe se tornando um recurso de uma comunidade assolada pela fome. É a luta pela sobrevivência: vale qualquer coisa! Aos poucos, o governo dos Hicsos foi se fragmentando dentro de si próprio. Parece que uma facção dissidente fundou no Delta ocidental uma nova Dinastia, a 16ª. Além disso, em Tebas, no Alto Egito, os Sacerdotes de Amon, que ainda dispunham de algum poder e de muita organização (algo que naqueles tempos difíceis se fazia mais importante do que qualquer outra coisa), iniciaram uma luta contra os invasores estrangeiros.

Não se sabe ao certo de onde provinham os Hicsos. Se eram um povo só ou uma leva de vários povos. Não se sabe nada sobre seus cultos originais ou mesmo sobre seu destino após sua expulsão do Egito.

Não se sabe sobre um povo que tenha sido expulso do Egito e que se tenha tornado uma ameaça invasora em qualquer outra região do norte da África ou do Oriente Médio, e sim, pois estas duas rotas seriam as mais prováveis para um povo que nunca tinha ousado sequer chegar até as cataratas do Nilo e que, para faze-lo teria que cruzar Tebas, o centro de poder daqueles que os estavam expulsando. Como não se tem notícias sobre tal leva migratória, o que se pode acreditar é que os Hicsos não tenham de fato sido expulsos, mas, sim, sido assimilados pela população Egípcia.

Como os Egípcios não consideravam os estrangeiros como pessoas, como podem tê-los aceito no seio de sua população mesmo depois de terem sofrido com sua dominação? Os Hicsos devem ter sido escravizados pelos Egípcios e, dessa forma, terem sido forçados a pagar pelos anos em que os oprimiram com seu domínio. Os Hicsos poderiam ter sido os Hebreus mas para sermos sérios, não podemos confirmar nem recusar completamente esta hipótese. É sim bastante plausível que os Hicsos tenham sido Hebreus errantes que, por volta do início do século XVIII a.e.c. invadiram o Delta oriental do Egito em busca de terras melhores do que as suas.

Como se sabe, a região que hoje corresponde a Israel e à Cisjordânia nem sempre foi habitada por Hebreus. Este povo pode muito bem ter sido um dos primeiros Povos do Mar, oriundos dos confins da Ásia e introduzidos no contexto do Crescente Fértil. É verdade que Senuosret III (Sesostris III) fez uma expedição militar à Palestina, no entanto, não é possível saber com certeza quais povos ele combateu. Pode ter sito talvez até mesmo os próprios Hebreus que, como recém-chegados à região, talvez estivessem causando problemas com tentativas de ataques ao Sinai.

Porém, pensando de um ponto de vista mais cético, temos que concordar que o Velho Testamento é uma compilação (obviamente de caráter fortemente ideológico) dos principais acontecimentos da História do Crescente Fértil dos quais se tinha conhecimento através da tradição oral. Muitas Histórias nele presentes foram modificadas pelo passar dos séculos e acabara sendo compiladas de modo a parecerem um amontoado de provações de Javeh (o Deus dos Judeus e Cristãos) para com seus filhos. Nesse contexto, podemos depreender do Velho Testamento diversas passagens da História de outros países, mas, em especial, do Egito. Assim sendo pode-se especular que os Hicsos eram Hebreus e, sendo assim, que, após sua derrota frente aos Tebanos, acabaram servindo como escravos no Egito.

Este é o período mais nebuloso da História do Egito no que se refere às práticas funerárias. Com efeito, não sabemos como os Hicsos enterravam seus mortos, ou mesmo se o faziam, porque, pelo fato de Avaris se localizar no Delta, e pelo fato de aquela região ser freqüentemente alagada sendo semi-pantanosa, a maior parte dos vestígios arqueológicos acabou destruída. Mesmo Mênfis, capital secular do Egito tem suas escavações muito dificultadas pela destruição das águas do Nilo. Sendo assim, infelizmente, nada sabemos sobre as práticas funerárias Dinásticas dos Hicsos.

Contudo, no tocante às práticas funerárias da população nesse período, sabemos que a mumificação, bem como o sepultamento o mais digno possível, continuaram ocorrendo. A 13ª Dinastia do Fayum, enquanto existiu, construiu pirâmides naquela região e os Faraós da 17ª Dinastia de Tebas iniciaram a construção de túmulos escavados nas rochas. Com efeito, os túmulos nas rochas foram a saída encontrada para combater os saques generalizados que se abateram sobre as tumbas Faraônicas no Segundo Período Intermediário, de forma ainda mais epidêmica do que no Primeiro.

Outra inovação introduzida nos enterramentos do final do Segundo Período Intermediário, especialmente nas primeiras tumbas escavadas nas rochas, foi o Livro dos Mortos. Esses livros eram longos pergaminhos ricamente pintados e decorados que continham informações importantes sobre como ser bem sucedido no julgamento dos Deuses no Tribunal de Osíris. Não havia qualquer garantia de que o portador de tais livros adentraria em Amentet, o livro servia apenas como uma espécie de “cola”, um lembrete para que o morto não se esquecesse do que deveria declarar e de como agir na presença dos Deuses. É possível que tais livros tenham sido criados para evitar que o choque da presença Divina atrapalhasse o raciocínio do morto. Porém, também há indícios de que bem cedo estes Livros dos Mortos tenham se tornado uma grande forma de arrecadação financeira do Clero de Amon em Tebas.